光月美理は実の父親が開発したキューティーシステムによって“キューティーソルジャーミリー”に変身し、世界の平和のために戦っている正義のヒロインである。悪の首領、ジルライヤは世界の美術品を盗む極悪人として名高く、ミリーのキューティーシステムも盗もうとミリーを狙っている。そして、ジルライヤは最強の怪人・ゴウエモンを創り出し、ミリーを倒そうと企む。今、世界の平和を賭けた、壮絶な戦いの火蓋切って落とされようとしている…。果たしてミリーに勝ち目はあるのか？！